三氟甲磺酸用途十分广泛，是己知的一种最强有机酸，是万能的合成工具。具有强腐蚀性、吸湿性，广泛用于医药、化工等行业，如核苷，抗生素，类固醇，蛋白质，配糖类，维生素合成，硅橡胶改性等。还可用作异构化和烷基化的催化剂，制备2,3-二氢-2-茚酮、1-四氢萘酮，去除糖蛋白中糖苷。