乙胺嘧啶是一种广泛用于抗原虫的广谱兽药，此外乙胺嘧啶也应用于水产品的养殖上，能够增强水产鱼类的抗病能力。但是乙胺嘧啶的副作用较大，使用过量可以损坏畜禽的生殖系统，且不易恢复。乙胺嘧啶对于某些恶性疟及间日疟的原发性红外期有抑制作用，是较好的预防药。虽对疟原虫配子体无明显作用，但含药血液进入蚊体后，可影响配子体在蚊体内的发育，故可阻断传播。作用原理是抑制二氢叶酸还原酶，影响四氢叶酸的利用，使核酸合成减少，抑制疟原虫繁殖。同时乙胺嘧啶和氯喹通过降低氧化应激和细胞凋亡水平，对感染疟疾后的胎盘病理改变的保护作用，同时还可有效降低血液中感染红细胞的比例，从而达到很好的疟疾治疗效果。而且在水产品体内具有富集作用，超出一定范围，人食用后会造成溶血性贫血症，甚至对中枢神经系统有直接的毒性。